Mục tiêu cơ bản của dự án là xác định đặc trưng, tính chất, niên đại và giá trị lịch sử văn hóa của từng di tích khảo cổ học hang động trong Quần thể danh thắng Tràng An để đề xuất tiêu chí nổi bật toàn cầu của hệ thống các di tích này trình UNESCO xếp hạng di sản thế giới nhằm tôn vinh, bảo tồn và phát huy lâu dài di sản văn hóa nhân loại.
Trong quá trình thám sát khu vực vùng lõi của Quần thể danh thắng Tràng An, Viện khảo cổ học đã xác định được 4 di tích chùa thờ Phật trong hang động. Đây là một trong những nét đặc trưng tiêu biểu khẳng định địa tầng các di tích tiền sử Tràng An đã thể hiện các giá trị văn hóa tiền sử ở đây phát triển bền vững, được truyền từ thế hệ này sang thế hệ khác và trở thành truyền thống.
Tiêu biểu cho các di tích chùa hang ở đây là: Bích Động, Thiên Tôn, Hoa Sơn và Bái Đính (cũ). Đây là những ngôi chùa thở Phật của người Việt được xây dựng từ thế kỷ X và được trùng tu cải tạo nhiều lần cho đến gần đây. Qua khảo sát Viện khảo cổ học đã có một số kết quả điều tra, xác minh và phát hiện mới. Cụ thể:
Chùa Bích Động, nằm trong Hang Bích Động ở thôn Đan Khê, xã Ninh Hải, Hoa Lư. Đây là di tích chùa hang được khởi dựng năm 1705 với nhiều lần trùng tu, khoét sâu vào hang để cải tạo làm nơi thờ Phật. Chùa Bích Động có 3 chùa chính: Chùa Hạ, chùa Trung và chùa Thượng. Tại chùa Trung người nhà chùa đục các tảng trầm tích trong lòng hang làm nơi thờ tự, các tảng trầm tích mầu vàng, kết cấu rắn chắc, đôi chỗ tìm thấy vỏ hầu biển.
Chùa Bích Động được mệnh danh là "Nam Thiên đệ nhị động", xếp sau Chùa Hương (Hà Nội). Hàng ngày chùa đón hàng trăm lượt khách trong và ngoài nước đến thăm quan. Chùa Hang Bích Động là di tích văn hóa tâm linh của người Việt trong vùng.
Chùa Thiên Tôn, nằm trong hang Thiên Tôn, thuộc thị trấn Thiên Tôn, Hoa Lư. Hang Thiên Tôn có 2 khoang, khoang ngoài là hang động tự nhiên hạng mái đá, rộng 25m, từ cửa ăn sâu vào trong dài 10m, trần mái đá hình hàm ếch, trần cao 9,5m. Khoang trong được cải tạo làm nơi thờ Phật, hang có hình gần tròn, rộng 10m, săn sâu vào 9 m, vòm cao 5m. Nền khoang trong có một lỗ lõm sâu xuống, trong đó có chất đầy vỏ nhuyễn thể biển tư ốc bù giác, trai ngọc, hàu cửa sông và một số ít sương động vật. Đáng chú ý là xung quanh hang trong và một phần hang ngoài còn nhiều tảng trầm tích mầu vàng có tuổi Pleistocene.
Chùa hang Thiên Tôn là ngôi chùa nổi tiếng ở Hoa Lư, trong hang hiện có bệ tượng, tượng thờ, bia. Trước cửa hang, trong khi đào đất nhà chùa đã tìm thấy gốm trang trí kiến trúc thời Trần được đem gắn vào bệ thiêu hương giữa hang ngoài. Các nhà nghiên cứu cho rằng, chùa Thiên Tôn được xây dựng từ thời Trần và được trùng tu cải tạo nhiều lần. Đây là một trong những điểm sinh hoạt văn hóa tâm linh quan trọng của người Việt.
Chùa Hoa Sơn, thuộc hang Hoa Sơn, nằm trên địa phận thôn áng Ngũ, Ninh Hòa, Hoa Lư. Nơi đây được cải tạo làm nơi thờ Phật và tôn vinh các nhân vật lịch sử có công xây dựng chùa. tương truyền đây là nơi nuôi dưỡng ấu chúa nhà Đinh nên chùa còn có tên là Phôi Sinh tự (hay chùa Bà Đẻ).
Hang Hoa Sơn có 2 khoang: khoang trong nền gần tròn, rộng 50m2, trần cao 9,5m. Xung quanh chứa trầm tích Pleistocene, song chưa thấy hóa thạch động vật. Khoang ngoài, rộng 120m2, cửa hướng đông, nền hang giật các cấp, lát gạch và đặt bệ tượng. Trong nền hang xuất lộ một số viên đá tảng, gốm kiến trúc thời Trần, Lê. Bước đầu cho thấy hang Hoa Sơn được người Việt cải tạo làm nơi thờ Phật, có niên đại Trần- Lê.
Hang Bái Đính, hay chùa Bái Đính (cũ) ở xã Gia Sinh, Gia Viễn cao 15,3m. Hang trong được cải tạo làm nơi thờ Phật và thờ Khổng Minh Không. Nền khoang trong có một lỗ lõm sâu xuống, cải tạo làm nơi chứa nước, xung quanh hang trong và một phần của cửa hang ngoài còn có các tàng trầm tích mầu vàng, có tuổi Pleistocene.
Hiện nay có chùa Bái Đính mới to lớn, song những người dân địa phương và du khách vẫn chọn nơi đây làm điểm sinh hoạt văn hóa tâm linh quan trọng của người Việt.
Qua thám sát Viện nghiên cứu khảo cổ học cho rằng các chứng tích văn hóa khảo cổ tiền sử Tràng An phong phú và đa dạng là nguồn sử liệu vật thật minh chứng cho sự biến đổi đặc biệt về kinh tế, văn hóa, xã hội của cộng đồng dân cư nơi đây. Hiện nay các ngôi chùa trong các hang động này là điểm tham quan, sinh hoạt văn hóa tâm linh của người Việt vùng châu thổ Bắc Bộ. Điều đáng chú ý là trong các hang động này được hình thành khá sớm từ Triat giữa, trong hang có các tảng trầm tích Pleistocene, ở đó đôi khi vẫn còn tìm thấy hóa thạch cổ sinh và dấu vết văn hóa của con người thời xa xưa. Các di tích chùa hang ở Tràng An là thí dụ minh chứng hiển nhiên cho sự kế thừa, tiếp tục sử dụng hang động là nét văn hóa truyền thống của người Việt.
Nguyễn Thơm