Trong những năm qua, nghề trồng nấm sò, nấm mỡ, nấm rơm, mộc nhĩ, linh chi trên địa bàn huyện Yên Khánh phát triển khá mạnh. Năm 2007, toàn huyện có 190 hộ sản xuất nấm với tổng số nguyên liệu sử dụng là 2.717 tấn, sản lượng nấm tươi đạt 1.250 tấn, giá trị thu nhập đạt 7 tỷ 577 triệu đồng.
9 tháng đầu năm 2008, toàn huyện có 210 hộ sản xuất nấm với tổng số nguyên liệu sử dụng trồng nấm là 2.475 tấn, sản lượng nấm tươi ước đạt 1.001 tấn, giá trị thu nhập đạt 7 tỷ 480 triệu đồng.
Các địa phương có phong trào sản xuất nấm khá là Khánh Thành, Khánh Trung, Khánh Hải, Khánh Nhạc, Khánh Vân, Khánh An… Nhiều tập thể và cá nhân mạnh dạn đầu tư kinh phí xây dựng trang trại trồng nấm khá hiệu quả như HTX sản xuất nấm Khánh Phú, hộ ông Nguyễn Văn Quang - xã Khánh An, ông Nguyễn Văn Can - xã Khánh Cường, ông Nguyễn Văn Đô - xã Khánh Trung…
Năm 2009, Yên Khánh chỉ đạo các địa phương tiếp tục phát động nhân dân đẩy mạnh nghề trồng nấm, phấn đấu sản lượng nấm tươi đạt 1.545 tấn, giá trị đạt 10 tỷ 810 triệu đồng. Trong đó vụ đông xuân 2008- 2009, sản lượng nấm tươi ước đạt 904 tấn, giá trị đạt 6 tỷ 441 triệu đồng.
Thanh Chiên