Những ngày đầu thành lập, Trường THCS Lê Hồng Phong (khi đó là trường cấp II thị xã Ninh Bình) mới chỉ có 6 lớp. Trường học tại chùa Phúc Chỉnh, xã Ninh Thành trong điều kiện hết sức khó khăn và thiếu thốn về cơ sở vật chất. Cả thầy và trò phải học ở nhà sửa lễ, nhà tổ và tam quan của ngôi chùa, bàn ghế học sinh phải tự túc hoặc lấy những hòn gạch vỡ, lót giấy làm ghế ngồi. Dù khó khăn là vậy nhưng ngay từ những ngày đầu thành lập trường, đội ngũ thầy, cô giáo đã chú trọng nâng cao chất lượng giảng dạy với tinh thần "tất cả vì học sinh thân yêu". Các phong trào thi đua làm đồ dùng giảng dạy, viết sáng kiến kinh nghiệm giáo dục đạo đức, phương pháp giảng dạy các bộ môn... được tập thể cán bộ, giáo viên hưởng ứng tham gia sôi nổi.
Đến năm học thứ hai, nhà trường đã được đầu tư xây dựng một phòng thí nghiệm hiện đại nên các giờ dạy ở các môn: Vật lý, Hóa học, Sinh học ở 3 khối 5, 6, 7 đều có đồ dùng thí nghiệm, thực hành. Năm học 1961-1962, nhà trường được mở thêm 1 phân hiệu phổ thông công nghiệp để tạo điều kiện cho học sinh, ngoài việc học văn hóa còn được chọn học các nghề rèn, nguội, tiện tại các xưởng thực hành, phòng thí nghiệm. Cùng với nỗ lực của thầy, cô giáo trong giảng dạy, học sinh nhà trường đã có nhiều cố gắng trong rèn luyện, tu dưỡng và phấn đấu, vươn lên trong học tập.
Trong 10 năm (1954-1964), chất lượng đào tạo của nhà trường đều không ngừng được nâng cao, học sinh xếp loại hạnh kiểm tốt đạt 100%, tốt nghiệp các năm đều đạt tỷ lệ 98,9%, là tỷ lệ đạt cao nhất so với các trường trong tỉnh. Trải qua giai đoạn kháng chiến chống đế quốc Mỹ, hào khí của thời đại đã giúp thầy trò nhà trường nỗ lực vươn lên, có những đóng góp tích cực trong công cuộc bảo vệ, xây dựng đất nước. Nhiều thầy giáo và học sinh đã tình nguyện xếp sách bút lên đường chiến đấu bảo vệ Tổ quốc, nhiều người đã anh dũng hy sinh.
Chiến tranh ngày càng ác liệt, trường cấp II thị xã Ninh Bình phải sơ tán, thầy trò bị xé lẻ đan xen vào các trường trong huyện Gia Khánh, song dù ở đâu, trong hoàn cảnh nào thầy và trò nhà trường vẫn kiên cường bám trụ trên mặt trận giáo dục, ban ngày giặc đánh phá, thì học vào ban đêm, nhận ruộng canh tác với địa phương, tổ chức nuôi thỏ, nuôi lươn đạt năng suất cao, giúp dân tăng gia sản xuất, thu hoạch lúa, dạy và học, lập thành tích cao thi đua cùng đồng bào miền Nam đánh Mỹ. Nhiều năm liền nhà trường dẫn đầu trong toàn tỉnh về các hoạt động giáo dục toàn diện, thể dục thể thao, văn hóa văn nghệ.
Năm 1971, Trường được tái lập theo quyết định của UBND tỉnh, là trường phổ thông 7 năm chung cả cấp I và cấp II, địa điểm tại khu vực núi Bùng, núi Sệu, xã Ninh Khánh, huyện Hoa Lư. Năm 1975, khi đất nước thống nhất, Trường Phổ thông thị xã Ninh Bình được UBND tỉnh Hà Nam Ninh quyết định tách thành hai trường cấp I+II Lê Hồng Phong và cấp I+II Lý Tự Trọng. Từ đó, Trường được vinh dự mang tên người chiến sỹ cộng sản kiên trung-cố Tổng Bí thư Đảng cộng sản Đông Dương Lê Hồng Phong. Nhà trường được chuyển về địa điểm hiện nay, cũng chính là vị trí trường cấp II thị xã Ninh Bình trước kia.
Những năm đầu mới chia tách, Trường gặp phải muôn vàn khó khăn, trường chưa ra trường, lớp chưa ra lớp. Các phòng học là hai gian nhà nhỏ của khu tập thể ghép lại, không đủ kê bàn ghế lớp học, ngày khai giảng đầu năm thầy và trò nhà trường phải xắn quần đứng dưới sân trường lầy lội. Với quy mô gần 20 lớp của 4 khối lớp với 830 học sinh, 40 cán bộ, giáo viên, cùng với nỗ lực của thầy và trò, nhà trường còn nhận được sự quan tâm của các cấp ủy Đảng, chính quyền địa phương, các ban, ngành trên địa bàn và phụ huynh học sinh.
Từ năm học 1991- 1992, cơ sở vật chất được tăng cường, nhà trường được tiếp nhận 2 đơn nguyên cao tầng với đầy đủ phòng học, phòng bộ môn kiên cố, khang trang. Chất lượng giáo dục toàn diện của nhà trường và các hoạt động văn nghệ, thể thao tiếp tục được nâng lên, khẳng định vị trí trong hệ thống giáo dục bậc THCS toàn tỉnh. Nhà trường chú trọng nâng cao chất lượng giáo dục toàn diện, nhất là chất lượng bồi dưỡng học sinh giỏi thông qua các giải pháp trong đổi mới quản lý, đổi mới trong sinh hoạt của tổ, nhóm chuyên môn, đổi mới phương pháp dạy học, đổi mới trong kiểm tra đánh giá học sinh...
Nhiều năm qua nhà trường liên tục duy trì được thành tích trong phong trào bồi dưỡng học sinh giỏi, luôn xếp trong tốp ba trường dẫn đầu toàn thành phố Ninh Bình về phong trào bồi dưỡng học sinh giỏi với số lượng học sinh đạt giải học sinh giỏi cấp tỉnh, cấp thành phố ngày càng tăng. Những năm học qua, học sinh nhà trường đã đem về 14 giải quốc gia, 215 giải cấp tỉnh, 965 giải cấp thành phố trong các kỳ thi học sinh giỏi. Chất lượng tuyển sinh vào trường THPT ngày càng được nâng lên. Thi tuyển sinh vào Trường THPT chuyên Lương Văn Tụy luôn xếp thứ 2/12 trường THCS trong thành phố, đến nay nhà trường có 14 thủ khoa đầu vào của trường THPT chuyên Lương Văn Tụy.
Để đáp ứng yêu cầu đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao cho đất nước, góp phần thực hiện thành công Nghị quyết 29 của BCH T.Ư Đảng về đổi mới căn bản và toàn diện nền giáo dục trong giai đoạn hiện nay, năm học 2014-2015 nhà trường chọn giải pháp "Nâng cao chất lượng đội ngũ" làm điểm đột phá để nâng cao chất lượng giáo dục toàn diện. Tại Hội thi giáo viên giỏi thành phố Ninh Bình vừa qua, nhà trường có 10 giáo viên dự thi đã xuất sắc giành 3 giải nhất, 3 giải nhì, 4 giải ba, toàn đoàn xếp thứ nhất khối THCS. Với sự nỗ lực vượt mọi khó khăn, Trường THCS Lê Hồng Phong đãvinh dự được tặng thưởng nhiều danh hiệu cao quý: Huân chương Lao động hạng Ba, Huân chương Lao động hạng Nhì, Huân chương Lao động hạng Nhất, Tập thể lao động xuất sắc, được Thủ tướng Chính phủ tặng Cờ đơn vị dẫn đầu phong trào thi đua, nhiều năm liền được UBND tỉnh tặng danh hiệu "Tập thể lao động xuất sắc"; Công đoàn được Tổng LĐLĐ Việt Nam tặng bằng khen "Công đoàn vững mạnh"; Đội TNTP được tặng nhiều cờ thi đua và bằng khen các cấp vì những thành tích xuất sắc đạt được trong công tác Đội và phong trào thiếu niên, nhi đồng; Chi bộ nhà trường liên tục được công nhận là tổ chức cơ sở Đảng trong sạch, vững mạnh...
Phấn khởi và tự hào về ngôi trường có bề dày truyền thống vẻ vang, kỷ niệm 60 năm thành lập trường là dịp để thầy và trò nhà trường thấy rõ hơn trách nhiệm của mình trong sự nghiệp đổi mới của, quê hương đất nước. Toàn thể cán bộ, giáo viên, nhân viên Trường THCS Lê Hồng Phong quyết tâm phấn đấu "Mỗi thầy giáo, cô giáo là một tấm gương sáng cho học sinh noi theo, tích cực đổi mới phương pháp dạy học, nâng cao chất lượng viết sáng kiến kinh nghiệm và nghiên cứu khoa học, phát huy sức mạnh của các tổ chức đoàn thể, chủ động, sáng tạo, dám nghĩ, dám làm, tận tâm, tận lực, cộng đồng trách nhiệm, tất cả vì học sinh thân yêu, nhằm tiếp tục nâng cao chất lượng giáo dục toàn diện, khẳng định vị thế của ngôi trường mang tên người chiến sỹ cộng sản kiên trung, cố Tổng Bí thư Lê Hồng Phong.
Trịnh Thị Vân Khánh
Hiệu trưởng Trường THCS Lê Hồng Phong