Cụ thể, theo Quyết định số 1037/QĐ-BNN-TS ngày 11/4/2024, trước khi sáp nhập, tỉnh Nam Định cũ được giao 597 hạn ngạch, tỉnh Ninh Bình cũ được giao 8 hạn ngạch Giấy phép khai thác thủy sản vùng khơi. Từ ngày 12/4/2024 đến 21/7/2025, Ninh Bình đã thực hiện chuyển 9 hạn ngạch cho tàu cá hoạt động ngoài tỉnh và tiếp nhận 34 hạn ngạch từ các địa phương khác, nâng tổng hạn ngạch lên 630.
Việc hoàn tất rà soát và xác định rõ số lượng hạn ngạch có ý nghĩa quan trọng trong công tác quản lý nhà nước. Đây là cơ sở pháp lý và thực tiễn để tỉnh tổ chức cấp phép minh bạch, kiểm soát chặt chẽ hoạt động khai thác vùng khơi theo đúng quy định của Luật Thủy sản, đồng thời góp phần bảo vệ nguồn lợi thủy sản, ngăn chặn tình trạng khai thác quá mức. UBND tỉnh cũng đã giao Sở Nông nghiệp và Môi trường tổ chức rà soát, xây dựng phương án công bố hạn ngạch khai thác tại vùng ven bờ và vùng lộng theo đơn vị hành chính sau sáp nhập, đảm bảo phù hợp với thực tế sản xuất của ngư dân và định hướng phát triển thủy sản bền vững của địa phương.