Những năm đầu mới thành lập, Đoàn được giao nhiệm vụ bảo vệ Trung ương Đảng, Chính phủ, Hồ Chủ tịch; tiếp quản và bảo vệ thủ đô Hà Nội, thành phố cảng Hải Phòng, khu mỏ Hòn Gai…
Trong thời kỳ chống chiến tranh phá hoại của đế quốc, Đoàn đã cùng với quân, dân thành phố cảng chiến đấu hàng trăm trận, bắn rơi 317 máy bay Mỹ các loại, trong đó có 5 máy bay chiến lược B52; bắn chìm, bắn cháy 7 tàu chiến; phá hủy hơn 10 nghìn quả mìn, thủy lôi, đánh thắng cuộc phong tỏa đường biển của đế quốc Mỹ vào cảng Hải Phòng, giữ vững mạch máu giao thông. Vì miền Nam ruột thịt, Đoàn còn hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ tuyển quân, chi viện cho chiến trường. Đã tiến hành 43 đợt tuyển quân, tổ chức huấn luyện và đưa vào miền Nam 4 trung đoàn, 100 tiểu đoàn với tổng số 12 vạn cán bộ, chiến sĩ đi chiến đấu ở chiến trường, góp phần vào sự nghiệp giải phóng miền Nam thống nhất đất nước.
Những năm đầu xây dựng và bảo vệ Tổ quốc Việt Nam xã hội chủ nghĩa, Đoàn là lực lượng nòng cốt xung kích trong xây dựng các công trình kinh tế - quốc phòng quan trọng của Quân khu III.
Vinh dự cho cán bộ, chiến sĩ của Đoàn B50, ngày 6-2-1963 thay mặt Trung ương Đảng, Nhà nước, Bác Hồ đã về thăm đơn vị và tặng dòng chữ "Đoàn kết, Trung kiên, Quyết thắng", đó là 6 chữ vàng truyền thống của Đoàn. Trong tình hình mới, Đoàn luôn nắm vững và vận dụng đúng đắn, thực hiện có hiệu quả đường lối chiến tranh nhân dân của Đảng, thực hiện thắng lợi mọi nhiệm vụ được giao. Đặc biệt là nhiệm vụ huấn luyện, sẵn sàng chiến đấu, quản lý, phúc tra, huấn luyện quân dự bị động viên. Trong huấn luyện đã bám sát phương châm "Cơ bản, thiết thực, vững chắc", coi trọng huấn luyện đồng bộ cả cơ quan và đơn vị, huấn luyện sát với thực tế chiến đấu, phù hợp với biên chế tổ chức trang bị của đơn vị. Kết hợp giữa huấn luyện quân sự với hoạt động công tác Đảng, công tác chính trị, rèn luyện kỷ luật, xây dựng chính quy, tăng cường hội thi, hội thao. Do đó, kết quả huấn luyện hàng năm được Bộ Quốc phòng, Bộ Tư lệnh Quân khu III đánh giá đều đạt kết quả khá, giỏi. 10 năm liền (1996-2006) được Bộ Quốc phòng tặng cờ đơn vị huấn luyện giỏi. Đơn vị còn làm tốt nhiệm vụ quản lý, phúc tra, huấn luyện quân dự bị động viên, thường xuyên phối hợp, hiệp đồng chặt chẽ với cấp ủy, chính quyền, cơ quan quân sự địa phương tiến hành phúc tra, quản lý, xếp nguồn và tiếp nhận đưa quân nhân dự bị về đơn vị tổ chức huấn luyện tập trung. Do đó kết quả huấn luyện đạt chất lượng tốt. Lớp lớp cán bộ, chiến sĩ của Đoàn luôn tận tâm, tận lực thực hiện thắng lợi mọi nhiệm vụ được giao. Đóng quân trên quê hương Ninh Bình, nơi thường xảy ra bão, lũ, Đảng ủy, Chỉ huy Đoàn xác định ngoài nhiệm vụ trung tâm là huấn luyện sẵn sàng chiến đấu, quản lý, phúc tra huấn luyện dự bị động viên, đơn vị còn thực hiện tốt chức năng là đội quân công tác. Năm 2003, Đoàn đã tổ chức gần 1.000 cán bộ, chiến sĩ hành quân dã ngoại làm công tác vận động quần chúng tại 2 xã Kim Mỹ, Cồn Thoi của huyện Kim Sơn, giúp nhân dân địa phương vùng đồng bào Công giáo với tổng số 9.375 ngày công làm vệ sinh đường thôn, xóm, đào đắp kênh mương, xây dựng công trình phúc lợi… Từ năm 2005 đến nay, Đoàn phối hợp với tỉnh Ninh Bình giúp nhân dân xóa nhà tranh, tre, vách đất, xây dựng nhà đại đoàn kết, tổng số được 47 nhà. Đặc biệt, năm 2007 cơn bão số 4, số 5 đã gây thiệt hại lớn cho nhân dân 2 huyện Nho Quan, Gia Viễn, đơn vị đã phối hợp với các cấp, các ngành, các đơn vị trên địa bàn cùng nhân dân địa phương khắc phục hậu quả bão lũ, sửa chữa nhà ở, khám, chữa bệnh, phòng, chống dịch bệnh, góp phần ổn định đời sống nhân dân. Với thành tích đã đạt được trong xây dựng, chiến đấu, Đoàn B50, Trung đoàn 50, Tiểu đoàn 14 pháo cao xạ và liệt sĩ Phạm Minh Đức được tuyên dương "Anh hùng LLVT nhân dân". Ngoài ra, Đoàn còn được Đảng, Nhà nước, Bộ Quốc phòng tặng hơn 300 huân, huy chương các loại và nhiều phần thưởng cao quý khác.
Phát huy truyền thống 55 năm xây dựng, chiến đấu và trưởng thành, cán bộ, chiến sĩ của Đoàn tiếp tục xây dựng Đảng bộ trong sạch, vững mạnh, đơn vị vững mạnh toàn diện đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ trong thời kỳ mới, phấn đấu hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ được giao, xứng đáng với truyền thống "Đơn vị Anh hùng LLVT nhân dân".
Thượng tá Phạm Xuân Kha (Phó Chủ nhiệm Chính trị Đoàn B50)