Theo đó, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Ninh Bình thực hiện chức năng tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý nhà nước về giáo dục và đào tạo (bao gồm: giáo dục mầm non, giáo dục phổ thông, giáo dục nghề nghiệp và giáo dục thường xuyên) trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật, hướng dẫn UBND cấp xã thực hiện công tác quản lý nhà nước về giáo dục và thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn theo phân cấp hoặc ủy quyền của UBND tỉnh, Chủ tịch UBND tỉnh.
Sở Giáo dục và Đào tạo là cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh, chấp hành sự chỉ đạo, quản lý viên chức, biên chế và hoạt động của UBND tỉnh; đồng thời chấp hành sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ của Bộ Giáo dục và Đào tạo
Sau sáp nhập, Sở GD&ĐT Ninh Bình hiện có 9 phòng chuyên môn và tương đương; 119 đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Sở, trong đó có 92 trường THPT; 25 Trung tâm Giáo dục thường xuyên, Trung tâm Giáo dục nghề nghiệp-Giáo dục thường xuyên, Trung tâm Hướng nghiệp, tin học, ngoại ngữ; Trường Trung cấp Kinh tế - Kỹ thuật và Du lịch Ninh Bình; Trường Cao đẳng Sư phạm Nam Định.
Đặc biệt, tỉnh hiện có 3 trường chuyên gồm: Trường THPT chuyên Lê Hồng Phong, Trường THPT chuyên Lương Văn Tụy và Trường THPT chuyên Biên Hòa được giữ nguyên tên sau khi sắp xếp.
Một số trường THPT của 3 tỉnh trước khi sáp nhập, được đổi tên thêm A, B của trường như: Trường thuộc tỉnh Nam Định trước đây, hiện nay được đổi tên gồm: Trường THPT Trần Hưng Đạo đổi thành Trường THPT A Trần Hưng Đạo; Trường THPT Nguyễn Khuyến đổi tên thành Trường THPT B Nguyễn Khuyến; Trường THPT Nguyễn Huệ đổi thành Trường THPT B Nguyễn Huệ.
Hai trường thuộc tỉnh Ninh Bình trước sáp nhập nay cũng được đổi tên gồm: Trường THPT Trần Hưng Đạo đổi tên thành Trường THPT B Trần Hưng Đạo; Trường THPT Nguyễn Huệ đổi thành Trường THPT A Nguyễn Huệ.
Trường THPT Nguyễn Khuyến trước sáp nhập thuộc tỉnh Hà Nam, nay đổi tên thành Trường THPT A Nguyễn Khuyến.