Năm học 2008 - 2009 là năm đầu tiên ngành Giáo dục - Đào tạo cả nước tiến hành thi tốt nghiệp THPT theo chương trình phân ban, để giữ vững vị trí của mình, Trường THPT Yên Mô B đã có sự chuẩn bị sớm ngay từ đầu năm học với những nỗ lực cao nhất của cả thầy và trò.
Năm học này, Trường THPT Yên Mô B có 519 học sinh lớp 12, trong đó ban A có 110 học sinh, ban C có 56 học sinh. Ngay từ đầu năm nhà trường đã họp Ban giám hiệu, phụ huynh học sinh để thống nhất các biện pháp nhằm nâng cao chất lượng học tập cho học sinh khối 12. Nhà trường, gia đình cùng nỗ lực, giúp đỡ, động viên để các em yên tâm ôn tập chuẩn bị cho kỳ thi. Về phía nhà trường, gần đây có nhiều sự xáo trộn trong giáo viên, nhiều giáo viên trẻ chưa có kinh nghiệm, nhưng nhà trường đã chọn những giáo viên giỏi, có trách nhiệm, nhiệt tình để dạy lớp 12.
Cùng với việc học theo chương trình chính khóa, nhà trường đã tổ chức cho các em ôn tập sớm hơn, học đến đâu ôn cuốn chiếu đến đó. Trong quá trình ôn tập, các em được rèn luyện kỹ năng làm bài theo phương pháp trắc nghiệm. Hiện nay, nhà trường đã tiến hành cho học sinh ôn tập trung các môn tự nhiên và ngoại ngữ.
Thầy Hiệu trưởng Phạm Minh Trí cũng cho biết: Nhìn chung, tâm lý các em học sinh lớp 12 năm nay rất lo lắng, nhất là ban A và ban C, bởi chương trình của 2 ban này rất nặng. Vì vậy, các em đã rất cố gắng, ít học sinh nghỉ học hoặc đi muộn". Những lo lắng của học sinh và thầy, cô giáo Trường THPT Yên Mô B không phải là không có căn cứ khi kết quả của kỳ thi sơ kết học kỳ I không mấy khả quan, nhất là kết quả của các môn tự nhiên ở ban A và ban C.
Thầy giáo Phạm Minh Trí cho biết thêm: "Lo lắng của chúng tôi bây giờ là khâu tổ chức thi và chấm thi. Khâu tổ chức nếu không tốt sẽ ảnh hưởng đến trật tự an ninh trường thi, làm tâm lý thí sinh không ổn định. Nếu bazem điểm không cụ thể, chi tiết cho từng ban, từng loại hình thí sinh thì sẽ thiệt thòi cho các em".
Nguyễn Thơm