Ban Giám hiệu cũng như các thầy, cô giáo luôn xác định: Giáo dục thể chất là môn học chính khóa trong nhà trường, là nội dung cơ bản trong chương trình đào tạo, nhằm hoàn thiện nhân cách toàn diện cho các em và góp phần mang lại sức khỏe, tinh thần để các em học tập tốt. Vì vậy các tiết thể dục luôn được thực hiện nghiêm túc chương trình giáo dục thể chất theo quy định của ngành Giáo dục - Đào tạo là 2 tiết học trong mỗi tuần. Các em học sinh đều được giảng dạy các môn như chạy ngắn, nhảy cao, cầu lông, đá cầu, đẩy tạ, bóng chuyền…
Ban Giám hiệu nhà trường luôn bám sát, chỉ đạo giáo viên thể chất thường xuyên đổi mới phương pháp dạy học để tạo tinh thần học hăng say cho học sinh nên các giờ học thể dục không khô cứng và từng bước phát huy hiệu quả trong việc nâng cao thể chất cho các em. Ngoài ra, để đánh giá chất lượng giáo dục thể chất trong trường học, đồng thời tạo tinh thần thi đua sôi nổi cho học sinh, nhà trường còn thường xuyên tổ chức các hoạt động thể dục ngoại khóa như giải điền kinh, cầu lông… vào các dịp kỷ niệm ngày thành lập Đoàn (26-3), ngày Nhà giáo Việt Nam (20-11)… Qua các hoạt động đó, nhà trường đã tuyển chọn được các em học sinh có năng khiếu thể thao để bồi dưỡng tham gia hội thi thể dục thể thao, Hội khỏe Phù đổng ngành Giáo dục huyện tổ chức.
Nhiều năm liền tham gia các kỳ Hội khỏe Phù Đổng, nhà trường luôn đứng trong tốp đầu các trường THCS trong huyện về thành tích. Có nhiều học sinh và được chọn vào đội tuyển của huyện tham gia thi đấu hội thi TDTT cấp tỉnh như: em Phạm Thùy Linh, Phạm Thị Ngọc, Phạm Phú Lợi... Nhằm nâng cao chất lượng giáo dục thể chất bền vững, nhà trường quan tâm đầu tư xây dựng cơ sở vật chất, mua sắm trang thiết bị, dụng cụ luyện tập. Đến nay nhà trường có một sân bóng rổ, một sân bóng chuyền, 4 sân cầu lông, một đường chạy ngắn dài hơn 100 m...
Với sự quan tâm đầu tư cùng những hiệu quả trong công tác giáo dục thể chất, những năm qua, Trường THCS Ninh Mỹ luôn được đánh giá là đơn vị cờ đầu khối THCS của ngành Giáo dục huyện Hoa Lư về chất lượng giáo dục thể chất. Từ đó chất lượng giáo dục toàn diện học sinh cả về thể chất lẫn trí tuệ được nâng lên rõ rệt. Năm học 2009 - 2010 nhà trường có 15 học sinh giỏi cấp huyện, 4 học sinh giỏi cấp tỉnh. Học kỳ I vừa qua nhà trường có trên 50% học sinh đạt học lực khá, giỏi.
Bài, ảnh: Minh Quang