Đến thời điểm trung tuần tháng 9 đã có 36.329 ha lúa trỗ bông, đạt 93% diện tích gieo cấy được và đã có 1.100 ha được thu hoạch (chủ yếu ở Nho Quan) với năng suất ước đạt bình quân 48 tạ/ha. Tuy nhiên, hiện tại trên đồng ruộng sâu bệnh đang sinh trưởng và phát triển khá mạnh với nhiều đối tượng gây hại khác nhau. Chi cục Bảo vệ thực vật (BVTV) tỉnh cho biết: Diện tích lúa bị nhiễm sâu cuốn lá nhỏ lứa 6 là 18.002 ha; có 10.550 ha bị nặng, tập trung chủ yếu ở các huyện Yên Mô 1.000 ha, Yên Khánh 1.200 ha, Kim Sơn 7.950 ha. Diện tích lúa bị nhiễm sâu đục thân 2 chấm lứa 5 là 8.123 ha; có 1.065 ha bị hại nặng, tập trung ở Yên Mô 300 ha, Hoa Lư 300 ha, Nho Quan 200 ha. Diện tích lúa bị nhiễm rầy lứa 7 là 1.545,5 ha; có 390 ha bị hại nặng, chủ yếu ở huyện Yên Mô 335 ha. Diện tích lúa bị nhiễm bệnh khô vằn 11.455 ha; có 2.125 ha bị hại nặng, chủ yếu ở Kim Sơn 730 ha, Yên Mô 500 ha, Yên Khánh 430 ha, Nho Quan 300 ha. Diện tích lúa bị nhiễm bệnh bạc lá, đốm sọc vi khuẩn 2.415 ha; có 429 ha bị hại nặng, tập trung ở Yên Mô 140 ha, Gia Viễn 100 ha. Diện tích lúa bị ốc bươu vàng phá 202.300 ha và chuột phá hoại 1.467.400 ha ở tất cả các địa phương trong tỉnh. Như vậy ở vụ mùa này, sâu cuốn lá nhỏ, bệnh khô vằn chủ yếu tập trung gây hại ở các huyện phía Nam tỉnh; sâu đục thân chủ yếu gây hại ở các huyện phía Bắc tỉnh; bệnh bạc lá, ốc bươu vàng, chuột gây hại ở tất cả các địa phương trong tỉnh.
Đồng chí Vũ Khắc Hiếu, Chi cục trưởng Chi cục BVTV tỉnh cho biết: Thời tiết, khí hậu diễn biến phức tạp với tình hình mưa nhiều, liên tục trong những ngày qua đã gây bất lợi cho công tác phòng trừ sâu bệnh cuối vụ của các địa phương. Tuy nhiên, thời gian qua Chi cục BVTV tỉnh đã làm khá tốt công tác điều tra, phát hiện sâu bệnh trên đồng ruộng, dự tính, dự báo tình hình phát sinh của các đối tượng gây hại cho lúa và hoa màu..., làm cơ sở cho các địa phương và người nông dân có biện pháp phòng trừ kịp thời. Các địa phương trong tỉnh đã tổ chức phòng trừ sâu cuốn lá nhỏ cho 15.000 ha lúa; sâu đục thân cho 4.850 ha; rầy các loại cho 854 ha; bệnh khô vằn cho 6.320 ha; bệnh bạc lá, đốm sọc vi khuẩn cho 1.790 ha...
Trong thời gian tới, sâu đục thân lúa 2 chấm lứa 5 tiếp tục nở và gây hại cho các trà lúa trỗ sau ngày 1-9, nhất là ở các huyện Nho Quan, Gia Viễn, Yên Mô với tỷ lệ hại nơi cao đến 5-10%, cá biệt có nơi đến 30%, ảnh hưởng nghiêm trọng đến năng suất lúa của các địa phương. Rầy nâu, rầy các loại lứa 7 nở rộ đến 12-9, có khả năng gây cháy ổ từ sau ngày 5-9 với mật độ lên tới 3.000-5.000 con/m2, tập trung chủ yếu ở Nho Quan, Gia Viễn, Yên Mô. Bệnh bạc lá, đốm sọc vi khuẩn tiếp tục hại trên trà mùa trung và mùa muộn. Bệnh khô vằn xuất hiện gây hại ở tất cả các trà lúa. Chuột gây hại ở tất cả các trà lúa... Chi cục BVTV tỉnh khuyến cáo các địa phương tăng cường kiểm tra đồng ruộng, theo dõi chặt chẽ diễn biến của thời tiết khí hậu, lách thời tiết để có biện pháp phòng trừ kịp thời khi tới ngưỡng. Đối với sâu đục thân lúa 2 chấm, tiếp tục phun trừ cho các trà lúa trỗ sau ngày 1-9 ở tất cả các địa phương. Đối với rầy nâu, rầy lưng trắng phát hiện và phun trừ kịp thời trên những ruộng có mật độ lớn hơn 1.500 con/m2 bằng một trong các loại thuốc sau: Sutin5EC, Penatyl 40WP đối với những ruộng lúa đang phân hóa đòng-ôm; dùng các loại thuốc Penatyl Gol 50EC, Victory 585 EC, Bonus gold 40EC, Bassa 50EC... đối với những ruộng lúa ở giai đoạn trỗ bông đến chín. Chú ý đề phòng bệnh đạo ôn cổ bông cho lúa trỗ, nhất là những ruộng lúa đã bị bệnh đạo ôn lá và giống dễ nhiễm bằng các loại thuốc Katana 25SC, Kabim 30WP, Fjione 40WP... kết hợp phun phòng bệnh bạc lá, đốm sọc vi khuẩn và khô vằn. Ngoài ra, tăng cường công tác diệt chuột, bắt và phòng trừ ốc bươu vàng…
Trường Sinh