Tuy nhiên, trong quan hệ lao động, sự bất đồng giữa người sử dụng lao động và người lao động về tiền lương, giảm giờ làm, cải thiện điều kiện lao động… là khó tránh khỏi, biểu hiện là các cuộc đình công ở quy mô và mức độ khác nhau mang tính tự phát, bất hợp pháp đã diễn ra. Theo số liệu của Hội đồng trọng tài lao động, năm 2011 trên địa bàn tỉnh có 8 vụ đình công xảy ra, điển hình là các vụ đình Công tại công ty may Việt ý (Khu công nghiệp Gián Khẩu); Công ty may NienHsing Ninh Bình (Khu công nghiệp Khánh Phú); Công ty cổ phần nhựa quốc tế KS Việt Nam (Khu công nghiệp Gián Khẩu); Công ty giầy ADORA (Khu công nghiệp Tam Điệp)… Năm 2012, có 2 vụ đình công xảy ra tại Nhà máy kính Tràng An thuộc Công ty TNHH Hương Giang và Công ty TNHH may mặc ARTIF Việt Nam chi nhánh Ninh Bình. Năm 2013 có vụ đình công nhỏ xảy ra ở một số công ty, doanh nghiệp. Nguyên nhân của các vụ đình công là do, về phía doanh nghiệp, người sử dụng lao động đã lợi dụng sự thiếu hiểu biết về pháp luật lao động, thiếu kiểm tra, giám sát của các cơ quan chức năng nên đã vi phạm những quy định về pháp luật lao động làm thiệt hại đến quyền lợi hợp pháp của người lao động. Một số doanh nghiệp chỉ trả lương tối thiểu cho người lao động trong khi giá cả các loại hàng hóa dịch vụ thiết yếu tăng nhanh nên không đủ để người lao động trang trải cuộc sống. Mặt khác, một số doanh nghiệp còn để "lương treo", "treo thưởng" dẫn đến người lao động làm mà không được hưởng quyền lợi chính đáng của mình. Ngoài ra, những thỏa thuận về thưởng, phụ cấp, chi trả làm thêm cũng như các chế độ nghỉ ngơi, khám, chữa bệnh còn chung chung; cộng với đó là môi trường làm việc nóng bức, nhiều bụi, tăng sự mệt mỏi, căng thẳng cho người lao động. Một số chủ sử dụng lao động còn vi phạm về đóng BHXH cho người lao động dẫn đến gây khó khăn cho việc giải quyết chế độ cho người lao động. Về phía người lao động, ý thức tổ chức kỷ luật chưa cao, hiểu biết về pháp luật lao động chưa đầy đủ, trình độ tay nghề còn thấp ảnh hưởng đến sản xuất, chất lượng sản phẩm, một số lao động đưa ra những yêu sách ngoài quy định của pháp luật để kích động, lôi kéo người lao động đình công bất hợp pháp. Ngoài ra còn có nguyên nhân từ việc chồng chéo giữa các văn bản quy phạm pháp luật, việc triển khai văn bản pháp luật liên quan đến lao động, việc làm chưa đồng bộ, sâu rộng; công tác kiểm tra, giám sát của các cơ quan liên ngành chưa triệt để…
Để hạn chế tranh chấp lao động, đình công, các doanh nghiệp cần thực hiện tốt công tác tuyên truyền tới người lao động các quy định của pháp luật lao động như Bộ luật Lao động, Luật Công đoàn, những quy định liên quan đến quyền, nghĩa vụ, lợi ích của người lao động và người sử dụng lao động. Người sử dụng lao động và người lao động tăng cường đối thoại theo cơ chế 2 bên hoặc cơ chế 3 bên (người lao động, tổ chức công đoàn và người sử dụng lao động). Việc thiết lập kênh thông tin đối thoại 2 chiều sẽ giúp người sử dụng lao động hiểu được tâm tư, nguyện vọng của người lao động để từ đó có những chính sách chăm lo, hỗ trợ đời sống cho người lao động tốt hơn; người lao động cũng chia sẻ những khó khăn của người sử dụng lao động gặp phải và có trách nhiệm hơn trong lao động sản xuất, kinh doanh nhằm bình ổn quan hệ lao động giữa 2 bên. Ngoài ra, tổ chức công đoàn ở các công ty, doanh nghiệp phát huy vai trò người đại diện bảo vệ quyền và lợi ích chính đáng cho người lao động. Cán bộ công đoàn cần nắm vững kiến thức pháp luật liên quan đến lao động, việc làm, nhất là Bộ Luật lao động, Luật Công đoàn để thực hiện nhiệm vụ được giao. Bên cạnh đó, các cơ quan quản lý cần tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra việc thực hiện các quy định của pháp luật lao động ở các công ty, doanh nghiệp để kịp thời chấn chỉnh, xử lý các vi phạm về pháp luật lao động.
Trần Dũng