Toàn tỉnh có 18 tuyến giao thông thủy (đường sông) với chiều dài gần 300 km gồm: Sông Đáy, sông Hoàng Long, sông Vạc, kênh nhà Lê và một số tuyến sông khác. Ngoài ra, trên địa bàn tỉnh còn có hệ thống các hồ chứa nước lớn với chức năng chính là phục vụ sản xuất nông nghiệp, du lịch và điều hòa khí hậu như: Hồ Yên Quang, Thường Sung, Đá Lải, Đồng Chương (Nho Quan); hồ Yên Thắng, Đồng Thái (Yên Mô) và một số các hồ khác. Bên cạnh đó còn có nhiều tuyến giao thông thủy phục vụ du lịch như: Tam Cốc, Tràng An, Vân Long...
Hàng ngày, hệ thống đường thủy trên có rất nhiều thuyền bè tham gia giao thông. Trong những năm qua, trên địa bàn tuy chưa có vụ tai nạn giao thông đường thủy nghiêm trọng xảy ra nhưng vấn đề giao thông đường thủy vẫn còn nhiều bất cập, tiềm ẩn nguy cơ tai nạn giao thông. Trên tuyến đường sông có hàng trăm bến đò chở khách ngang sông, việc mặc áo phao cho người đi đò chưa được thực hiện một cách nghiêm túc, đò không đảm bảo an toàn. Nhiều bến đò ngang sông đường dẫn lên xuống không đủ điều kiện theo quy định. Việc đi lại trên các tuyến đường sông của nhiều thuyền, bè còn vi phạm Luật Giao thông đường thủy nội địa. Hầu hết các đò du lịch chưa trang bị áo phao cho người đi đò. Trên các tuyến hồ còn nhiều nguy cơ xảy ra tai nạn giao thông cho người đi thuyền và tình trạng thanh, thiếu nhi tắm trên các hồ chưa được quan tâm, bảo đảm an toàn, gây nguy cơ tai nạn đuối nước.
Trước các bất cập trên, các cấp, các ngành cần tăng cường các giải pháp bảo đảm an toàn cho giao thông thủy. Chính quyền địa phương nơi có các tuyến giao thông đường thủy cần tăng cường công tác tuyên truyền, vận động người dân mặc áo phao khi đi đò ngang sông và quản lý tốt các bến đò ngang sông, bảo đảm bến đò có đường dẫn lên xuống đúng quy định, đò đủ tiêu chuẩn mới cho hoạt động. Ngành du lịch và các địa phương có các điểm, khu du lịch đường thủy cần có các giải pháp thiết thực, đồng bộ bảo đảm an toàn cho du khách. Các địa phương nơi có hồ nước cần có các giải pháp phòng ngừa tai nạn đuối nước xảy ra. Mùa mưa bão đã đến, hơn lúc nào hết công tác bảo đảm an toàn giao thông thủy cần được quan tâm đúng mức, nhằm bảo đảm không có vụ tai nạn giao thông thủy đáng tiếc nào xảy ra.
Trần Dũng