Theo đó, Bộ NN&PTNT, UBND tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương sẽ giao kế hoạch cho các công ty nhà nước, hợp tác xã... tham gia quản lý, khai thác công trình thủy lợi. Đơn giá đặt hàng, giao kế hoạch được xác định trên cơ sở mức thu thủy lợi phí do Chính phủ quy định.
Các đơn vị làm nhiệm vụ quản lý, khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi được ngân sách Nhà nước (NSNN) cấp thanh toán số tiền do miễn thu thủy lợi phí theo quy định hiện hành. Đối với số thủy lợi phí của các đối tượng không được miễn, đơn vị nhận kế hoạch có nhiệm vụ thu thủy lợi phí theo quy định hiện hành.
Thông tư cũng quy định, trường hợp các công ty nhà nước làm nhiệm vụ khai thác, bảo vệ công trình thủy lợi có mức thu thấp hơn chi phí thực tế hợp lý thì sẽ được NSNN trợ cấp, trợ giá.
Ngoài ra, Nhà nước sẽ trích NSNN để hỗ trợ tài chính, hỗ trợ trích lập quỹ khen thưởng, phúc lợi cho các công ty quản lý, khai thác thủy lợi do trung ương và địa phương quản lý.