Tuy vậy vẫn còn những câu hỏi đặt ra cho các nhà khoa học rằng sự giao lưu và trao đổi giữa những nhóm cư dân sống trong hang động Tràng An với những nhóm cư dân khác diễn ra như thế nào? Hay thời đại Kim khí cách ngày nay khoảng 4.000 năm liệu những nhóm cư dân cổ còn tiếp tục cư trú trong những mái đá; hang động hay không? Trên cơ sở những thông tin có được qua những phát hiện mới về khảo cổ; qua một số cuộc khai quật các di tích trong và ngoài phạm vi của Quần thể danh thắng Tràng An có thể đưa ra các câu trả lời.
Sự xuất hiện một số di vật như mảnh gốm, rìu đá thời đại kim khí có niên đại cách ngày nay từ 3.000 đến 4.000 năm một cách lẻ tẻ, rời rạc không ăn nhập, không cùng lớp văn hóa thời đại đồ đá trong các di tích khảo cổ học hang động và mái đá thuộc Quần thể danh thắng Tràng An như: Hang Núi Tướng; Hang ốc; Mái đá Vàng; Mái đá Chợ; Hang Thung Bình; Hang áng Nồi; Hang Mòi… đã báo hiệu sự kết thúc việc định cư của cư dân thời đại kim khí trong mái đá và hang động. Những hiện vật lẻ tẻ xuất hiện trên bề mặt của di tích hang động và mái đá kể trên ghi nhận rằng đã có những lần nhóm cư dân thời đại kim khí qua lại nơi đây vì mục đích kiếm sống và trú ẩn ngắn ngày.
Sự xuất hiện những di tích, di vật xuất lộ trong phạm vi và vùng liền kề di sản Quần thể danh thắng Tràng An là những minh chứng cụ thể cho nhận định loài người vẫn tiếp tục sử dụng nơi đây để định cư, sinh dưỡng. Cũng qua những tư liệu này cho chúng ta viết nên câu chuyện về sự dịch chuyển nơi cư trú theo hướng biển thoái (Sau biển tiến Holocene giữa khoảng 4.000 năm cách ngày nay), từ cao xuống thấp, theo hướng từ không gian khép kín (thung lũng kín trong khu trung tâm khối đá vôi) ra không gian mở (thung lũng mở), ngoài rìa khối đá vôi Tràng An, những nhóm cư dân cư trú trong hang đá và mái đá ra cư trú ngoài trời, trên những cồn cát, bãi bồi ven biển.
Nhóm các di tích thời đại kim khí nằm ở rìa phía Đông Nam của di sản gồm: Di tích Núi Sệu; di tích núi Liên Sơn; di tích núi Phượng đều có đặc điểm chung là cư dân cư trú trên những cồn cát màu nâu xám, ven chân núi. Địa hình cồn cát này xuất hiện do phù sa sông bồi lắng, tích tụ khi biển thoái (khoảng 4.000 năm cách ngày nay). Qua loại hình gốm và công cụ đồ đá xuất lộ có thể đoán định niên đại của những di tích này cách ngày nay từ 3.000 đến 4.000 năm. Tại những di tích này có thể nhận biết, họ vừa khai thác nguồn hải sản ven biển lẫn nguồn thức ăn từ khối núi đá vôi Tràng An và những thung lũng kín còn ngập nước do không được phù sông bồi đắp. Như vậy có thể khẳng định ngay sau khi bắt đầu hình thành các cồn trầm tích sông (cồn cát, bãi bồi ven biển) ở giai đoạn biển thoái cách ngày nay 4.000 năm ở phía Đông Nam Quần thể danh thắng Tràng An, cư dân thời đại kim khí đã chiếm cứ làm vùng sinh dưỡng.
Nhóm di tích phía Tây Nam của Quần thể danh thắng Tràng An có các di tích; Núi ốc; Núi ốp; Đồi Ông Cẩm (xã Yên Sơn) thuộc giai đoạn Văn hóa Đông Sơn cách ngày nay khoảng 2.000 năm xa hơn nữa về phía Tây Nam có di tích Núi Một; di tích Núi Hai (phường Bắc Sơn, thị xã Tam Điệp), thuộc giai đoạn trước Văn hóa Đông Sơn có niên đại cách ngày nay khoảng 3.000 năm cho thấy nhóm cư dân cổ ở Tràng An có quan hệ qua lại với nhóm cư dân ở khu vực đồi núi đá vôi Tam Điệp.
Nhóm di tích, di vật phía Tây Bắc của Quần thể danh thắng Tràng An có di tích Núi Xưa, nơi đây xuất lộ nhiều gốm và vỏ nhuyễn thể biển, gốm ở đây thuộc dạng gốm trong Văn hóa Đông Sơn; di vật trống đồng xuất lộ ở đồi Đống (đều thuộc xã Sơn Lai, huyện Nho Quan).
Nhóm di vật xuất lộ khá đậm đặc ở phía Đông Bắc của Quần thể danh thắng Tràng An, chủ yếu trong không gian của thung lũng Cố đô Hoa Lư, đây là thung lũng mở được quây quanh bởi hệ thống núi đá vôi không liền khối, có dòng sông Sào Khê chảy qua. Tuy nhiên thung lũng này không được bồi đắp đầy đặn như những bãi bồi trước núi ở phía Đông Nam của Quần thể danh thắng Tràng An. Do vậy mà cho đến thế kỷ 10 nơi đây là khu trung tâm của Kinh thành Hoa Lư, khi xây dựng kinh thành để gia cố móng tôn cao nền trong các công tình kiến trúc đều thấy việc dùng các cây thuộc họ cỏ để lót lên lớp phù sa sông biển để chống lún trước khi xây dựng. Những di vật xuất hiện trong khu vực này là những rìu đá có vai được mài toàn thân có niên đại khoảng 3.000 đến 4.000 năm cách ngày nay; mộ thuyền, mộ xây cuốn vòm có niên đại khoảng 2.000 năm cách ngày nay cùng với đó là những mảnh gốm Đông Sơn có niên đại cách ngày nay khoảng 2.000 năm. Một số di vật thuộc dạng vật liệu kiến trúc như gạch, ngói, có niên đại khoảng 1.300 năm cách ngày nay.
Từ hàng loạt các di tích; di vật thời đại kim khí; các di tích, di vật thời kỳ dựng nước và giữ nước của dân tộc Việt xuất hiện trong phạm vi và vùng liền kề với Quần thể danh thắng Tràng An khẳng định vùng đất này luôn được loài người sử dụng làm nơi định cư. Ngay sau khi hình thành những bãi bồi do tích tụ bồi đắp của sông ở thời kỳ biển thoái khoảng 4.000 năm cách ngày nay cư dân cổ đã chiếm cứ, định cư, hướng khai thác nguồn lợi từ biển song vẫn khai thác nguồn lợi từ phía rừng núi, thung lũng Tràng An, họ cư trú ngoài trời, di chuyển, kiếm sống sâu vào vùng lõi của Quần thể danh thắng Tràng An thông qua sông Sào Khê; sông Đền Vối; sông Ngô Đồng đều chảy theo hướng Tây Bắc -Đông Nam, trong lòng di sản. Họ kiếm sống và giao lưu về phía biển thông qua biển. Và ở thế kỷ 10 ở thung lũng mở Hoa Lư được người dân nước Việt thêm một lần nữa tận dụng xây dựng kinh đô, đắp thành, khép kín thung lũng Hoa Lư hun đúc nên nền Văn minh Đại Việt nở rộ ở Thăng Long - Hà Nội ngày nay.
Hà Phương