Căn cứ vào thực tiễn yêu cầu nhiệm vụ tổ chức kháng chiến của ba dân tộc Đông Dương, Đại hội quyết định tách Đảng Cộng sản Đông Dương để thành lập ở mỗi nước Việt Nam, Lào, Campuchia một đảng riêng biệt có cương lĩnh phù hợp với đặc điểm mỗi nước. Ở Việt Nam, Đại hội quyết định thành lập Đảng Lao động Việt Nam.
Lần đầu tiên được tổ chức ở trong nước, Đại hội đã nghiên cứu, thảo luận Báo cáo chính trị, Báo cáo bàn về cách mạng Việt Nam, Báo cáo về tổ chức và Điều lệ của Đảng, các báo cáo bổ sung về Mặt trận dân tộc thống nhất, chính quyền dân chủ nhân dân, quân đội nhân dân, kinh tế tài chính, văn nghệ nhân dân.
Tại Đại hội, Chủ tịch Hồ Chí Minh trình bày báo cáo chính trị tổng kết những kinh nghiệm phong phú của Đảng trong hơn 20 năm lãnh đạo cách mạng, vạch ra những phương hướng, nhiệm vụ đưa cuộc kháng chiến thắng lợi hoàn toàn. Báo cáo khẳng định đường lối kháng chiến toàn dân, toàn diện, lâu dài vì độc lập thống nhất, dân chủ của Đảng là đúng đắn, cuộc kháng chiến của nhân dân ta chống thực dân Pháp và can thiệp Mỹ nhất định thắng lợi.
Báo cáo chính trị nêu hai nhiệm vụ chính của Đảng ở thời điểm đó:
+ Đưa kháng chiến đến thắng lợi hoàn toàn.
+ Tổ chức Đảng Lao động Việt Nam.
Đại hội tổng kết quá trình kháng chiến chống thực dân Pháp và hoàn thiện đường lối cách mạng dân tộc dân chủ nhân dân.
Đại hội quyết định đưa Đảng ra hoạt động công khai lấy tên là Đảng Lao động Việt Nam, thông qua Chính cương, Điều lệ và Tuyên ngôn của Đảng. Đảng Lao động Việt Nam là đảng của giai cấp công nhân và của nhân dân lao động Việt Nam. Đảng lấy Chủ nghĩa Mác-Lê nin làm nền tảng tư tưởng và xây dựng Đảng theo nguyên tắc một đảng vô sản kiểu mới, lấy tập trung dân chủ là nguyên tắc tổ chức và sinh hoạt căn bản của Đảng; phê bình, tự phê bình là quy luật phát triển của Đảng; phục vụ nhân dân là mục tiêu hoạt động của Đảng.
Ban Chấp hành Trung ương của Đảng do Đại hội bầu ra gồm 29 đồng chí (gồm 19 uỷ viên chính thức, 10 uỷ viên dự khuyết); bầu Bộ Chính trị gồm 7 Ủy viên chính thức, 1 Ủy viên dự khuyết; bầu đồng chí Hồ Chí Minh giữ chức Chủ tịch Đảng; bầu đồng chí Trường Chinh làm Tổng Bí thư Ban Chấp hành Trung ương Đảng.
Đại hội đại biểu lần thứ II của Đảng là một sự kiện lịch sử trọng đại, đánh dấu bước trưởng thành mới về tư tưởng, đường lối chính trị của Đảng. Đảng từ bí mật trở lại hoạt động công khai với tên gọi Đảng Lao động Việt Nam, đáp ứng yêu cầu đề ra đường lối cách mạng đúng đắn để lãnh đạo toàn dân kháng chiến thắng lợi.