Nhiều ý kiến cho rằng, dự thảo quy định quyền, nghĩa vụ của người khai hải quan trong cùng một điều luật là không hợp lý. Bởi vì, chủ hàng hóa, chủ phương tiện vận tải có quyền, nghĩa vụ đầy đủ đối với hàng hóa, phương tiện vận tải của mình, còn người được chủ hàng hóa, chủ phương tiện vận tải ủy quyền thực hiện thủ tục hải quan, trong đó có đại lý làm thủ tục hải quan, chỉ có trách nhiệm thực hiện các nghĩa vụ theo ủy quyền và phải chịu trách nhiệm trước pháp luật trong phạm vi được ủy quyền. Bên cạnh đó, việc dự thảo Luật xác định chung quyền và trách nhiệm của người khai hải quan trong các vấn đề liên quan đến bảo quản, lưu giữ hàng hóa tại địa điểm kiểm tra chuyên ngành cho đến khi cơ quan hải quan quyết định thông quan (khoản 2 Điều 35) cũng không khả thi, đặc biệt trong trường hợp người khai hải quan không được chủ hàng hóa ủy quyền toàn bộ nội dung liên quan đến hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa.
Do đó đề nghị cần tách riêng quy định đối với đại lý và người được ủy quyền làm thủ tục hải quan, ngoài ra, ban soạn thảo cũng nên cân nhắc việc sử dụng khái niệm đại lý làm thủ tục hải quan so với đại lý hải quan tại Luật quản lý thuế hiện hành về quyền, trách nhiệm của chủ thể này trong hoạt động thuế và hải quan để bảo đảm tính thống nhất, đồng bộ của hệ thống pháp luật.
Về hồ sơ hải quan (Điều 24), nhiều ý kiến đề nghị cần quy định rõ trong Luật các nội dung liên quan đến hồ sơ hải quan, các chứng từ phải nộp, phải xuất trình nhằm hạn chế tối đa việc dẫn chiếu đến các văn bản pháp luật có liên quan hoặc phải hướng dẫn thi hành, tạo điều kiện thuận lợi cho cá nhân, doanh nghiệp khi làm thủ tục hải quan.
Liên quan đến quy định về trách nhiệm phối hợp của các cơ quan nhà nước có thẩm quyền tại cửa khẩu và việc áp dụng cơ chế một cửa quốc gia (Điều 35 và Điều 67), nhiều đại biểu đề nghị bổ sung quy định rõ hơn về cơ chế phối hợp của các cơ quan nhà nước hữu quan tại cửa khẩu, đặc biệt là trách nhiệm của các cơ quan chức năng khi tiến hành kiểm tra chuyên ngành đối với hàng hóa đang chịu sự kiểm tra, giám sát hải quan.
Nhiều ý kiến cho rằng, khoản 1 Điều 91 quy định thẩm quyền của lực lượng hải quan tiếp tục truy đuổi để áp dụng các biện pháp ngăn chặn theo quy định của pháp luật là chưa phù hợp với quy định tại khoản 2 Điều 91, theo đó ngoài phạm vi địa bàn hoạt động hải quan, cơ quan hải quan có trách nhiệm phối hợp hoặc chủ động phối hợp với các cơ quan nhà nước hữu quan thực hiện các biện pháp phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới.
Đề nghị ban soạn thảo cần tổng kết, đánh giá việc thi hành cơ chế phối hợp giữa Hải quan với các cơ quan, đơn vị hữu quan để có cơ sở quy định phù hợp, tránh chồng chéo, mâu thuẫn về mặt thẩm quyền giữa các cơ quan.
Về hệ thống tổ chức hải quan, một số ý kiến cho rằng, việc quy định hệ thống hải quan có thể tổ chức theo hướng không phụ thuộc vào địa giới hành chính sẽ đáp ứng tốt hơn yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội, hội nhập kinh tế quốc tế.
Tuy nhiên, ý kiến khác lại đề nghị cần làm rõ hơn việc tổ chức một số Cục Hải quan trong cùng một tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có bảo đảm thực hiện chủ trương của Đảng, Nhà nước về tinh gọn bộ máy, tinh giản biên chế hay không? Bởi việc thành lập nhiều Cục Hải quan đồng nghĩa với việc phải xây dựng bộ máy như các chi cục, phòng ban, trung tâm dữ liệu, các đội kiểm soát... kéo theo việc tăng cường nhân sự, sắp xếp lại chức danh, bố trí mặt bằng để xây dựng văn phòng và trang thiết bị kỹ thuật, cơ sở vật chất.
Hơn nữa, mô hình hải quan điện tử hướng đến việc hình thành cơ sở dữ liệu tập trung, do đó việc tổ chức phân tán các Cục Hải quan trên một tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có thể gây khó khăn cho việc quản lý nhà nước về hải quan.
Trước đó trong phiên họp buổi sáng, Quốc hội đã bỏ phiếu bầu bổ sung Ủy viên Ủy ban thường vụ Quốc hội, Phó Chủ tịch Hội đồng dân tộc, Phó Chủ nhiệm một số Ủy ban của Quốc hội; biểu quyết thông qua dự án Luật việc làm và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thi đua, khen thưởng.
Quốc Khang