Trong phiên thảo luận đã có 27 đại biểu Quốc hội phát biểu, có 10 đại biểu tham gia tranh luận. Đa số ý kiến các vị đại biểu Quốc hội đánh giá cao sự cố gắng của đoàn giám sát và cơ bản nhất trí với báo cáo giám sát, cho rằng báo cáo giám sát đã phản ánh khá toàn diện về kết quả đạt được, chưa đạt được, những hạn chế, vướng mắc và nguyên nhân trong việc ban hành và tổ chức thực hiện chính sách pháp luật về quản lý, sử dụng vốn, tài sản nhà nước tại doanh nghiệp và cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước giai đoạn 2011-2016. Quốc hội biểu dương những cố gắng của đoàn giám sát, sự phối hợp tích cực của Chính phủ, các bộ ngành, địa phương và các doanh nghiệp nhà nước trong quá trình giám sát của Quốc hội.
Tuy nhiên, nhiều đại biểu đề nghị phải phân tích làm rõ thêm về những hạn chế, yếu kém như: vi phạm nguyên tắc tuân thủ pháp luật trong kinh doanh, vi phạm nguyên tắc thị trường, nguyên tắc quản trị doanh nghiệp, vi phạm nguyên tắc quản lý tài chính diễn ra ở các mức độ khác nhau và khá phổ biến ở những doanh nghiệp đã được thanh tra, kiểm tra, kiểm toán, thậm chí gây thiệt hại rất lớn cho nền kinh tế, làm giảm uy tín của doanh nghiệp nhà nước. Các đại biểu Quốc hội đề nghị Chính phủ làm rõ thêm vấn đề quản lý đất đai tại doanh nghiệp nhà nước, đầu tư của doanh nghiệp nhà nước ra nước ngoài, đời sống, quyền lợi của người lao động trong doanh nghiệp và việc khắc phục các tồn tại, yếu kém của doanh nghiệp nhà nước có thua lỗ lớn trong thời gian tới.
Các đại biểu yêu cầu trong thời gian tới cần tăng cường thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra, giám sát việc thực hiện chính sách, pháp luật về quản lý vốn, tài sản nhà nước tại doanh nghiệp và cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước.
Bên cạnh đó, các đại biểu Quốc hội quan tâm thảo luận về: trách nhiệm của tập thể, cũng như trách nhiệm của cá nhân người đứng đầu; vấn đề phân công, phân cấp trách nhiệm giữa quản lý, chỉ đạo chung của Chính phủ và quản lý trực tiếp theo ngành, lĩnh vực của các bộ, ngành chuyên môn tới việc quản lý hoạt động đầu tư kinh doanh của doanh nghiệp nhà nước. Trách nhiệm của chính quyền địa phương và của chính Hội đồng quản trị, hội đồng thành viên và người quản lý trực tiếp doanh nghiệp nhà nước.
Trên cơ sở đó, các đại biểu đề nghị Chính phủ tiếp tục tập trung chỉ đạo hoàn thành mục tiêu cổ phần hóa và thoái vốn nhà nước theo đúng lộ trình và quy định của pháp luật, bảo đảm nguyên tắc cơ chế thị trường, nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý, giám sát doanh nghiệp nhà nước trong tiến trình cổ phần hóa, không để xảy ra tiêu cực, thất thoát vốn, tài sản của Nhà nước. Giá cổ phần xác định theo cơ chế thị trường đảm bảo sát giá thị trường thông qua đấu giá công khai, minh bạch, nhất là việc quản lý, sử dụng đất của doanh nghiệp nhà nước, doanh nghiệp cổ phần hóa.
Phát biểu trong phiên thảo luận, đại biểu Bùi Văn Phương (Phó trưởng Đoàn ĐBQH tỉnh Ninh Bình) đã tranh luận với đại biểu trước đó về dự án nạo vét sông Sào Khê (Ninh Bình), dự kiến ban đầu là 72 tỷ đồng nhưng sau đó lên tới gần 2.600 tỷ đồng. Bấm nút tranh luận, đại biểu Bùi Văn Phương nhấn mạnh: Không phải dự án nào điều chỉnh đầu tư đều là sai, là không đúng, là mờ ám.
Cụ thể: Dự án nạo vét sông Sào Khê bắt đầu từ năm 2001 (cách đây 17 năm). Ban đầu mục tiêu là nạo vét sông phục vụ thủy lợi tưới tiêu sản xuất nông nghiệp, nhưng vì sông Sào Khê chảy qua khu vực Cố đô Hoa Lư - nơi bến sông ngày xưa vua Lý Công Uẩn dời kinh đô ra Hà Nội. Mặt khác, sông Sào Khê chảy qua di sản thế giới Tràng An và Ninh Bình lại là vùng đất du lịch, cho nên dự án được điều chỉnh lại với 4 mục tiêu là: sản xuất nông nghiệp, tôn tạo Cố đô Hoa Lư, tạo nền tảng một bước để Tràng An được công nhận là di sản thế giới, phục vụ cho giao thông thủy, phục vụ cho các công trình để phát triển du lịch. Chính vì yêu cầu đó, dự án được điều chỉnh lại.
Tuy nhiên, nguồn vốn ở đây không phải là toàn bộ vốn ngân sách nhà nước. Ngân sách nhà nước trong dự án này chỉ có khoảng 1.400 tỷ đồng, số vốn còn lại là số vốn của doanh nghiệp và các nguồn vốn khác để kết hợp phát triển du lịch của địa phương. "Chúng tôi nghĩ việc điều chỉnh dự án như thế để có được Ninh Bình hôm nay, có được cố đô Hoa Lư được tôn tạo, có được di sản Tràng An được cả thế giới biết đến và chúng ta tự hào về di sản đó trong đó có phần đóng góp của dự án này ở trong đó thì việc điều chỉnh đó là phù hợp và chúng ta làm hiệu quả nguồn vốn"- đại biểu Bùi Văn Phương khẳng định.
Trong phiên thảo luận, Bộ trưởng các bộ: Tài chính, Công Thương, Giao thông vận tải, Tài nguyên và Môi trường, Tổng Thanh tra Chính phủ đã phát biểu làm rõ một số vấn đề có liên quan mà các vị đại biểu Quốc hội quan tâm.
Mai Lan