Theo Nghị định, thuế tài nguyên được miễn, giảm trong các trường hợp tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên gặp thiên tai, địch họa, tai nạn bất ngờ, gây tổn thất đến tài nguyên đã kê khai và nộp thuế được xét miễn thuế tài nguyên phải nộp cho số tài nguyên bị tổn thất.
Miễn thuế tài nguyên đối với sản phẩm rừng tự nhiên do cá nhân được phép khai thác phục vụ cho đời sống sinh hoạt hàng ngày như: Gỗ, cành, củi, tre, nứa, mai, giang, tranh, vầu, lồ ô.
Miễn thuế tài nguyên đối với nước thiên nhiên dùng vào sản xuất thủy điện không hòa vào mạng lưới điện quốc gia.
Tổ chức, cá nhân khai thác đất sử dụng được miễn thuế tài nguyên khi san lấp, xây dựng các công trình phục vụ an ninh, quốc phòng; đê điều, thủy lợi, phục vụ nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp; các công trình mang ý nghĩa nhân đạo, từ thiện hoặc dành ưu đãi đối với người có công với cách mạng.
Chính phủ còn miễn thuế đối với các tổ chức, cá nhân hoạt động đánh bắt hải sản, sản xuất muối chưa qua chế biến đến năm 2010...