Kinh đô Thăng Long thời đó chỉ cách nước Đại Nguyên không xa, là nơi đồng bằng, không có thế hiểm trở núi cao sông dài, lại nằm ở bên tả ngạn sông Hồng, một khi giặc Nguyên - Mông xâm lược lần nữa thì khó giữ, không thể củng cố lực lượng tại Thăng Long được.
Vua Trần Thái Tông cho các quan đi khảo sát tại phủ Trường Yên, cuối cùng đã chọn động Vũ Lâm, hiện là thôn Văn Lâm, xã Ninh Hải, huyện Hoa Lư, tỉnh Ninh Bình, là vùng núi cao hiểm trở để xây dựng Hành cung Vũ Lâm. Nhà vua về đó với danh nghĩa là tu hành, chỉ cách Kinh đô Hoa Lư xưa ở xã Trường Yên, huyện Hoa Lư ngày nay về phía Nam khoảng 4km, mở đầu cho việc xây dựng Hành cung Vũ Lâm.
Thái Thượng hoàng Trần Thái Tông về vùng núi Vũ Lâm tu hành với tấm lòng hướng Phật, nhưng chính là muốn xây dựng căn cứ địa Trường Yên để chuẩn bị cho cuộc kháng chiến chống quân Nguyên - Mông lần thứ hai. Các vua Trần thời đó đi tu hành, nhưng vẫn quan tâm đến việc đời, việc đạo và đời không tách bạch. Đi tu hành, nhưng Thượng hoàng Trần Thái Tông vẫn chỉ đạo vua Trần Thánh Tông điều hành đất nước, xây dựng Hành cung Vũ Lâm là một hậu cứ vững mạnh.
Theo sách "Thái Vi quốc tế ngọc ký", năm 1258 đến thôn Văn Lâm, xã Ninh Hải, huyện Hoa Lư ngày nay, vua Trần Thái Tông cho xây một am nhỏ tại chỗ đất cao dưới chân núi phía Đông bên sông Ngô Đồng ở phía trong Hang Cả. (Đi qua Hang Cả bên phải là đến đất dựng am. Hiện nay khu đất đó gọi là đất Vườn Am, cao hơn mặt ruộng rộng khoảng hơn một sào). Dãy núi nằm bên khu đất đó là núi Vườn Am đã ghi nhận việc vua Trần Thái Tông dựng am (nhà ở) tại đây. Như thế, có lẽ, Trần Thái Tông là ông vua đầu tiên đã đi thuyền qua Hang Cả của Tam Cốc ngày nay, là người phát hiện ra Hang Cả sớm nhất.
Nơi ở đó của vua Trần Thái Tông rất kín đáo, kẻ thù không thể phát hiện và vào được.
Một thời gian sau, thấy ở đó chật hẹp, lầy lội, vua Trần Thái Tông cho chuyển am ra động Vũ Lâm dựng am Thái Vi ở đất Triều cũ thờ Phật và Tam Thanh Thượng Đế, rồi lại chuyển một lần nữa ra chỗ đất hiện nay có đền Thái Vi. Động Vũ Lâm thực chất là một thung lũng ở phía Tây Bắc thôn Văn Lâm, rộng khoảng 20 mẫu. Trung tâm của Hành cung Vũ Lâm là am Thái Vi thuộc thôn Văn Lâm, xã Ninh Hải ngày nay. Đây là một địa danh hiểm trở, ba mặt Bắc, Tây, Nam đều có núi đá cao sừng sững bao quanh, chỉ còn mặt phía Đông là không có núi chắn, nhưng lại có sông Ngô Đồng chảy vào.
Với vị trí ba mặt Bắc, Nam, Tây là núi, phía Đông là sông Ngô Đồng, am Thái Vi thời Trần như một pháo đài hiểm, mang tính chất một công trình phòng ngự- Một vị trí kín đáo, thuận lợi cho việc phòng thủ, tiến công.
Việc chọn vùng núi Vũ Lâm làm Hành cung để tu hành, cũng là hậu cứ chỉ đạo cuộc kháng chiến chống quân Nguyên - Mông của vua Trần Thái Tông là rất khoa học. Tại đây, có thể nói là "Kinh đô đá", vua quan nhà Trần đã họp bàn đưa ra những quyết sách chiến lược chỉ đạo quân dân nhà Trần chuẩn bị, bố trí lực lượng ở những nơi hiểm yếu để đón đánh quân Nguyên - Mông. Hành cung Vũ Lâm khi đó trở thành trung tâm chỉ đạo, là cơ quan đầu não của cuộc kháng chiến chống quân Nguyên - Mông.
Đến niên hiệu Bảo Phù (1273 - 1278), vua Trần Thánh Tông (1258 - 1278) đã xây thêm một số cung điện. Cùng với việc xây thêm cung điện Thái Vi trong niên hiệu Bảo Phù, nhân dân thôn Văn Lâm đã làm một con đường từ làng Văn Lâm vào cung điện, xây cầu Rồng đá qua sông Ngô Đồng, gọi là cống Rồng.
ở am Thái Vi tu hành, xây dựng Hành cung Vũ Lâm một thời gian, chưa rõ vua Trần Thái Tông ở Hành cung Vũ Lâm bao nhiêu năm và mất vào năm 1277. Ngày nay một số tên gọi và tên làng ở xã Ninh Hải, xã Ninh Thắng là nơi xây dựng Hành cung Vũ Lâm còn gợi lại những địa danh xưa của Hành cung Vũ Lâm.
Thôn Văn Lâm, xã Ninh Hải có Vườn Am là nơi vua Trần Thái Tông dựng Am đầu tiên, có hang Cả, có Cửa Quan, Gò Mưng là những trạm gác, có Đình Các là nơi các quan thời xưa dừng lại sửa mũ áo trước khi vào am Thái Vi, có bến Thánh là bến thuyền, có cánh đồng Trường Thi là nơi luyện quân và thi võ của quân sĩ thời Trần.
Làng Tuân Cáo thuộc xã Ninh Thắng có đình Tuân Cáo là nơi các quan ngày xưa dừng lại báo cáo; làng Hạ Trạo là nơi có bến Đông khi vua Trần Thái Tông đi thuyền đến đây đã cho hạ mái chèo, từ đó về sau quy định các quan đi thuyền đến đây đều phải hạ mái chèo thuyền để vào am Thái Vi; Xã Ninh Thắng còn có tên một làng là làng Hành Cung ghi nhận có Hành cung Vũ Lâm; làng Khả Lương nằm về phía Bắc và Tây Bắc làng Hành Cung là nơi để kho lương thực của nhà Trần.
Vua Trần Thánh Tông là con của Thái Thượng hoàng Trần Thái Tông lên ngôi năm 1258 đã có thời gian về Hành cung Vũ Lâm xây dựng thêm cung điện. Đến năm 1278, vua Trần Thánh Tông lại nhường ngôi cho Thái tử Khâm lên làm Thái Thượng hoàng. Thái tử Khâm lên ngôi là vua Trần Nhân Tông. Vua Trần Nhân Tông cũng về Hành cung Vũ Lâm vào khoảng năm 1283, xem xét, củng cố và cho canh phòng bảo vệ Hành cung Vũ Lâm nghiêm ngặt.
Tương truyền, năm 1283, vua Trần Nhân Tông cho xây dựng các phòng tuyến vòng ngoài để bảo vệ am Thái Vi về phía Đông. Ông đã cử Tiến sỹ Đào Dương Bật là người văn võ toàn tài về vùng đất thôn Đông Trang, xã Ninh An, huyện Hoa Lư ngày nay để chiêu dân lập ấp, cũng là cảnh giới bảo vệ Hành cung ở phía Đông, cách am Thái Vi khoảng 5km.
Còn về phía Tây Hành cung Vũ Lâm, vua Trần Nhân Tông và Thượng Hoàng Trần Thánh Tông đã bố trí lực lượng quân sỹ thiện chiến ở vùng núi Thiện Dưỡng ngày nay nằm về phía Tây Nam xã Ninh Vân, huyện Hoa Lư để chặn đường tiến quân của quân Nguyên - Mông từ Thanh Hóa tiến ra. Đây là vị trí chiến lược trong Hành cung Vũ Lâm. Điều đó chứng tỏ Thượng hoàng Trần Thánh Tông và vua Trần Nhân Tông quan tâm bảo vệ Hành cung Vũ Lâm rất cẩn mật. Nhiều cuộc họp quan trọng của triều đình đã diễn ra tại Hành cung Vũ Lâm để bố trí lực lượng chuẩn bị đánh đuổi quân Nguyên - Mông.
Ngày 3 tháng 5 năm ất Dậu (7-5-1285), hai vua Trần Thánh Tông và Trần Nhân Tông cùng Trần Hưng Đạo đã đánh tan một bộ phận quân Nguyên - Mông ở đây. "Đại Việt sử ký toàn thư" - Tập II - NXB KHXH - 1998 - trang 56, đã ghi: "Tháng 5, ngày mồng 3, hai vua đánh bại giặc ở phủ Trường Yên (Ninh Bình) chém đầu cắt tai giặc nhiều không kể xiết". Quân Nguyên - Mông xác phơi kín đồng cỏ, máu chảy đỏ cả một vùng. Sau này người dân còn lưu truyền câu: "Máu Lang Ca, ma Quang Hiển".
Trận đánh quân Nguyên - Mông diễn ra tại thung lũng đá vôi Thiện Dưỡng. ở giữa thung lũng đá vôi Thiện Dưỡng thuộc xã Ninh Vân nói trên hiện nay có cánh đồng Cửa Mả và gần đó có thung lũng Mồ, vì có nhiều mồ mả nên nhân dân địa phương vẫn gọi thung lũng này là "Đất chiến địa" đã ghi nhận điều đó. Trận đánh quân Nguyên - Mông ở phủ Trường Yên vào ngày 3 tháng 5 năm ất Dậu (1285), là trận đánh có tầm chiến lược, có ý nghĩa quyết định đã tiêu diệt rất nhiều quân Nguyên Mông, đã góp phần nhanh chóng quét sạch quân Nguyên - Mông ra khỏi đất Đại Việt sau đó. Một lần nữa cho thấy phủ Trường Yên không chỉ là đất Đế đô mà còn là đất chiến địa tiêu diệt quân thù. Như thế Hành cung Vũ Lâm là một địa danh rất quan trọng ở thời Trần, có chỗ đứng vững chắc trong lịch sử dân tộc.
Sau chiến thắng quân Nguyên - Mông lần thứ 3 (1288), nước Đại Việt thời gian này là hòa bình, yên ổn, sạch bóng quân thù. Hành cung Vũ Lâm vẫn tồn tại. Vua Trần Thái Tông mất từ năm 1277, vua Trần Thánh Tông cũng đã mất năm 1290. Năm 1293 vua Trần Nhân Tông nhường ngôi cho con trưởng là Thái Tử Thuyên lên làm Thái Thượng hoàng. Năm 1294 vua Trần Nhân Tông đã đến Hành cung Vũ Lâm. Sách "Đại Việt sử ký toàn thư" - Tập II - Nhà xuất bản Khoa học xã hội - Hà Nội - 1998 - Trang 71 và trang 72 có ghi: "Giáp Ngọ, Hưng Long năm thứ hai (1294)… Mùa thu, tháng 7… Bấy giờ, Thượng hoàng (Trần Nhân Tông) đến Vũ Lâm (xã Ninh Hải, huyện Hoa Lư, tỉnh Ninh Bình ngày nay) vào chơi hang đá (Tam Cốc), cửa núi đá hẹp, Thượng hoàng ngự chiếc thuyền nhỏ, Tuyên Từ Thái hậu ngồi đằng đuôi thuyền, gọi Văn Túc Vương (tên là Đạo Tái là con của Trần Quang Khải - Trần Quang Khải là con thứ của vua Trần Thái Tông) lên mũi thuyền, chỉ để một ngeời chèo thuyền thôi". Điều đó khẳng định Thượng hoàng Trần Nhân Tông lại trở về Hành cung Vũ Lâm năm 1294.
Đến năm ất Mùi, năm thứ ba (1295), tháng 6, Thượng hoàng Trần Nhân Tông mới từ Ai Lao trở về nước, sau đó bắt đầu xuất gia đi tu ở Hành cung Vũ Lâm. "Khâm định Việt sử thông giám cương mục" ghi:
"ất Mùi, năm thứ ba (1295)… tháng 6, mùa hạ… Thượng hoàng từ Ai Lao trở về, rồi xuất gia ở Hành cung Vũ Lâm, sau lại trở về Kinh Sư".
Như thế năm 1295, vua Trần Nhân Tông xuất gia tu hành ở Hành cung Vũ Lâm. Đây cũng là xu thế tất yếu của thời đại nhà Trần, Phật giáo phát triển, muốn tìm thấy những giá trị của đạo Phật, Vua, Hoàng hậu cũng đi tu, các vương công đi tu làm tăng chúng. Cho nên Thái Thượng hoàng Trần Nhân Tông cũng đi tu. Ngài xuất gia lần đầu tiên ở Hành cung Vũ Lâm.
Theo sách sử đã nêu trên thì Thái Thượng hoàng Trần Nhân Tông đã tu hành ở Hành cung Vũ Lâm năm 1295, có nghĩa là Hành cung Vũ Lâm còn tồn tại đến năm đó. Nhà vua tu hành ở Hành cung Vũ Lâm đến năm 1299 thì ra Thăng Long, rồi lên Yên Tử. Có nghĩa là Hành cung Vũ Lâm tồn tại ở Ninh Bình 41 năm (1258-1299).
Lã Đăng Bật