Với công tác bảo vệ rừng, việc quản lý, thanh kiểm tra các vụ vi phạm trong quản lý lâm sản được quan tâm chỉ đạo. Từ năm 2013-2016, Sở đã xử lý 8 vụ khai thác đất đá trong rừng, 39 vụ phá rừng, 2 vụ khai thác gỗ rừng sản xuất, 2 vụ săn bắn chim hoang dã, 10 vụ vận chuyển chim hoang dã.
Đặc biệt, đã kiểm tra, phát hiện và lập hồ sơ 92 vụ buôn bán, vận chuyển lâm sản trái phép, tịch thu 1.610,1 kg động vật hoang dã; 52,27 m3 gỗ; 3.303 cá thể chim; 95kg than hầm...
Đối với môi trường làng nghề, theo thống kê, tính đến nay, trên địa bàn tỉnh có 81 làng nghề được UBND tỉnh công nhận, hoạt động sản xuất kinh doanh trên các lĩnh vực ngành nghề nông thôn.
Môi trường một số làng nghề hoạt động trên lĩnh vực chế biến nông lâm sản, sản xuất hàng thủ công mỹ nghệ bị ảnh hưởng do khói bụi, khí thải độc hại, ô nhiễm tiếng ồn; ô nhiễm môi trường nước, không khí.
Tỉnh đã di dời một số cơ sở sản xuất trong làng nghề đá mỹ nghệ ra khu Làng nghề tập trung Ninh Vân giai đoạn I và đang tiếp tục quy hoạch giai đoạn II để di dời các cơ sở còn lại.
Cơ sở sản xuất của làng nghề gốm Mỹ Lộc cũng đã được di chuyển ra khu sản xuất tập trung, xa khu dân cư, có các biện pháp che chắn, giảm thiểu khói bụi, tiếng ồn.
Đặc biệt, làng nghề bún Yên Ninh (Yên Khánh) đã được đầu tư hệ thống xử lý nước thải từ nguồn kinh phí sự nghiệp môi trường, qua đó, góp phần giảm thiểu tình trạng ô nhiễm môi trường khu vực dân cư.
Trước thực trạng người dân thường lạm dụng các loại phân bón, thuốc bảo vệ thực vật (BVTV) và các chất kích thích sinh trưởng để tăng năng suất, sản lượng cây trồng, Sở thường xuyên tổ chức các lớp tập huấn, tuyên truyền, hướng dẫn nông dân sử dụng đúng thuốc BVTV trong danh mục cho phép, khuyến khích người dân sử dụng thuốc BVTV có nguồn gốc sinh học và thu gom, xử lý đúng cách; xây dựng mô hình trình diễn về sử dụng thuốc BVTV góp phần nâng cao nhận thức, trách nhiệm của nông dân trong sản xuất.
Mặt khác, Sở đã đề nghị tiêu hủy lượng thuốc quá hạn, ngoài danh mục, thuốc cấm sử dụng và bao bì thuốc BVTV tồn lưu đang chờ tiêu hủy tại phường Ninh Sơn, thành phố Ninh Bình với tổng lượng thuốc, bao bì là 1.080 kg (680 kg thuốc, 400 kg bao bì).
Đến nay, lượng thuốc BVTV tồn lưu trong các kho đã được tiêu hủy hết. Đồng thời, tỉnh cũng có các chương trình, dự án hỗ trợ, khuyến khích nông dân sản xuất, trồng trọt theo hướng phát triển nền nông nghiệp sinh thái bền vững.
Cùng với đó, Sở Nông nghiệp & PTNT đã phối hợp với các xã, thị trấn tổ chức đánh giá hiện trạng, tác động của ô nhiễm môi trường đối với phát triển kinh tế - xã hội; vận động người dân đầu tư nguồn lực xây dựng mô hình chăn nuôi an toàn sinh học, sử dụng công nghệ khí sinh học biogas; phổ biến rộng việc sử dụng chế phẩm sinh học để xử lý chất thải chăn nuôi…
Từ năm 2011 đến nay, Sở đã hỗ trợ xây dựng được gần 1.800 công trình khí sinh học cho các hộ dân chăn nuôi, với tổng kinh phí hỗ trợ trên 2 tỷ đồng.
Nhằm nâng cao chất lượng đời sống của nhân dân, Sở đẩy mạnh thực hiện Chương trình cấp nước sinh hoạt nông thôn, nhiều công trình cấp nước sạch đã được xây dựng. Trên địa bàn tỉnh hiện có 82 trạm cấp nước sinh hoạt tập trung đang hoạt động, nâng tỷ lệ người dân được sử dụng nước sinh hoạt hợp vệ sinh đạt 90,18%.
Hầu hết các thôn xóm trên địa bàn tỉnh đã thành lập và tổ chức các tổ, đội thu gom rác thải sinh hoạt cho người dân với chu kỳ tuần 1 lần, có nơi tuần 2 lần. Rác thải sinh hoạt được ký hợp đồng với các Trung tâm BVMT của huyện vận chuyển về nơi xử lý tập trung của tỉnh, hoặc đốt tiêu hủy nếu có lò đốt rác đặt tại địa bàn.
Tuy nhiên, công tác quản lý và BVMT nông thôn của tỉnh vẫn còn tồn tại những khó khăn, thách thức như: Tình trạng chồng chéo trong phân công trách nhiệm, có những mảng còn bỏ ngỏ trong tổ chức quản lý môi trường nông thôn; đầu tư tài chính còn thấp; các hoạt động quản lý và kiểm soát chất thải khu vực nông thôn chưa hiệu quả; nhận thức của người dân về BVMT còn hạn chế.
Để phát triển ngành Nông nghiệp theo hướng bền vững, thời gian tới, Sở sẽ tăng cường triển khai các hoạt động quản lý và kiểm soát chất thải từ khu vực nông thôn; tiếp tục tổ chức các cuộc thanh tra, kiểm tra về quản lý bảo vệ rừng, khai thác lâm sản, đánh bắt thủy hải sản; quy hoạch làng nghề và đầu tư xây dựng hệ thống xử lý môi trường tại các cụm làng nghề tập trung.
Cùng với đó là việc đầu tư nâng cao năng lực hệ thống cơ sở hạ tầng nghiên cứu, ứng dụng khoa học công nghệ mới trong hoạt động sản xuất nông nghiệp, nông thôn theo hướng khuyến khích áp dụng công nghệ sạch, sản xuất sạch, phát triển bền vững, hài hòa giữa kinh tế và BVMT; xây dựng các mô hình điểm về quản lý và BVMT nông thôn; đẩy nhanh tiến độ các dự án trồng rừng, tái trồng rừng, khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào trồng rừng kinh tế; thực hiện các Chương trình, dự án nâng cao chất lượng rừng và năng lực rừng phòng hộ đầu nguồn, rừng ngập mặn. Phấn đấu đến năm 2020, nâng độ che phủ rừng lên 20,5%.
Trường Sinh