Giải U19 quốc gia 2016 có sự tham dự của 21 đội thay vì 22 đội như những thông tin công bố ban đầu. Do có hai đội bóng là U19 Cần Thơ và U19 Đồng Nai bỏ giải và 1 đội U19 Thái Bình xin tham dự, vì vậy VFF cũng đã có sự thay đổi về danh sách đội bóng ở mỗi bảng tham dự giải.
Theo đó, bảng A do Trung tâm Thể thao Viettel đăng cai, gồm: Viettel, Công An Nhân Dân, Hà Nội T&T, Nam Định, FLC Thanh Hóa, Sông Lam Nghệ An, Thừa Thiên Huế. Bảng B do Sở VH-TT&DL tỉnh Khánh Hòa đăng cai, gồm có: Khánh Hòa, Thái Bình, SHB Đà Nẵng, QNK Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Định, Lâm Đồng. Và bảng C do Quỹ đầu tư phát triển tài năng Việt Nam (PVF) đăng cai với sự tham dự của: PVF, Becamex Bình Dương, Tây Ninh, TP.HCM, Long An, An Giang, Đồng Tháp.
21 đội bóng thi đấu vòng tròn hai lượt (đi - về) tại các địa phương đăng cai, tính điểm xếp hạng tại mỗi bảng để chọn 3 đội đứng đầu, 3 đội xếp thứ nhì và 2 đội xếp thứ ba có thành tích tốt nhất vào tham dự vòng chung kết (VCK).
Các trận đấu lượt đi diễn ra từ ngày 11/1- 26/1 và lượt về từ 23/2 - 9/3. Theo dự kiến, VCK sẽ diễn ra từ ngày 18/3-27/3 và địa điểm sẽ quyết định sau khi vòng loại kết thúc. Ở VCK, 8 đội bóng sẽ chia thành 2 nhóm A và B, thi đấu vòng tròn một lượt, chọn 2 đội đứng đấu mỗi nhóm vào bán kết.
Phần thưởng cho đội vô địch là 50 triệu đồng, đội á quân nhận 30 triệu đồng, đội hạng ba nhận 20 triệu đồng và giải phong cách là 10 triệu đồng. Ngoài ra còn có các giải thưởng cá nhân như vua phá lưới, cầu thủ xuất sắc nhất, thủ môn xuất sắc nhất, tổ trọng tài xuất sắc (mỗi giải 5 triệu đồng).
Ở giải U19 quốc gia 2015, đội U19 PVF đã giành chức vô địch nhờ sự xuất sắc của thủ môn Nguyễn Thanh Tuấn khi đã cản phá được 3 cú sút của Hữu Sơn, Quang Hải, Thành Chung bên phía Hà Nội T&T ở loạt đá luân lưu.