Đồng thời tham mưu cho Ban chỉ huy PCLB & TKCN các cấp, các ngành xây dựng quy trình, kế hoạch dài hạn về PCLB trên từng lĩnh vực, từng địa phương nhằm phát huy sức mạnh tổng hợp của các tổ chức kinh tế - xã hội và cộng đồng dân cư tham gia vào công tác PCLB, góp phần quan trọng đảm bảo an toàn cho các tuyến đê trên địa bàn tỉnh. 

Thời kỳ đầu mới được thành lập, Chi cục có 30 biên chế, đến nay đội ngũ cán bộ tăng lên 44 người, trong đó có 1 thạc sĩ, 24 người có trình độ đại học và 17 người có trình độ trung cấp. Với chức năng quản lý Nhà nước về đê điều và PCLB, Chi cục đã tăng cường củng cố lực lượng quản lý đê chuyên trách, trong đó kiện toàn biên chế các đội, luân chuyển, bổ nhiệm cán bộ và đội trưởng, xây dựng quy chế hoạt động của đội quản lý đê chuyên trách. Đặc biệt, đơn vị đã tham mưu cho Sở Nông nghiệp & PTNT đề nghị UBND tỉnh cho thành lập lực lượng quản lý đê nhân dân. Đây là lực lượng chân rết ở ngay tại cơ sở.
 
Lực lượng quản lý đê chuyên trách thường xuyên phối hợp với chính quyền địa phương và quản lý đê nhân dân trong việc phát hiện, ngăn chặn, xử lý các vụ vi phạm Pháp lệnh đê điều. Do vậy trong những năm qua, nhất là những năm gần đây số vụ vi phạm Pháp lệnh đê điều đã giảm hẳn, không xảy ra vụ vi phạm lớn. Đội quản lý đê phối hợp với lực lượng quản lý đê nhân dân thường xuyên kiểm tra theo dõi các diễn biến của đê, kè, cống, báo cáo kịp thời các sự cố đê điều trong mùa mưa lũ và cùng địa phương xử lý ngay từ giờ đầu để giữ an toàn cho các tuyến đê. Sử dụng bản đồ kỹ thuật số trong quản lý về lý lịch, hiện trạng đê, kè, cống và các vị trí xung yếu, trọng điểm PCLB. Đánh giá cụ thể hiện trạng hệ thống đê điều trước mùa mưa bão, từ đó xác định các trọng điểm để tham mưu cho Sở đề nghị UBND tỉnh, Bộ Nông nghiệp & PTNT chỉ đạo và cấp kinh phí xử lý hoặc có phương án hộ đê nhằm đảm bảo an toàn cho các tuyến đê.

Trong những năm qua, tình hình thời tiết diễn biến phức tạp, không theo quy luật, với chức năng quản lý Nhà nước về đê điều và PCLB, Chi cục đã nắm chắc hiện trạng các tuyến đê, các công trình thuỷ lợi PCLB, thường xuyên theo dõi, cập nhật thông tin và xử lý, báo cáo kịp thời về diễn biến các trận bão, lũ cho Ban chỉ huy PCLB&TKCN tỉnh. Đồng thời tham mưu cho UBND tỉnh và các sở, ban, ngành, các địa phương tổ chức tổng kiểm tra công trình trước lũ, xây dựng phương án chống lụt bão, phương án tiền phương, phương án hậu phương và khắc phục hậu quả sau bão lũ; phương án hộ đê trong tình huống khẩn cấp, phương án bảo vệ trọng điểm, phương án vận hành tràn Lạc Khoái (huyện Gia Viễn); tràn Đức Long, tràn Gia Tường (huyện Nho Quan); phương án di dân vùng bãi bồi ven biển Kim Sơn và chuẩn bị tốt công tác "4 tại chỗ" phục vụ PCLB. 

Đặc biệt, Chi cục còn tham mưu cho Ban chỉ huy phòng, chống lụt bão và tìm kiếm cứu nạn ban hành các công điện của Ban chỉ huy và công điện của UBND tỉnh chỉ đạo các cấp, các ngành chủ động đối phó với bão, lũ. Bên cạnh đó, Chi cục còn tham mưu cho tỉnh, Sở Nông nghiệp & PTNT kiểm tra, quy hoạch tiêu thoát lũ và hệ thống đê điều của các dòng sông; tăng cường quản lý Nhà nước trong quản lý, bảo vệ đê điều và xử lý các vụ vi phạm Pháp lệnh đê điều.

Hàng năm, tranh thủ sự quan tâm của tỉnh, Bộ Nông nghiệp & PTNT để tạo nguồn kinh phí cho công tác tu bổ, duy tu bảo dưỡng đê điều. Đặc biệt, nhiều dự án tu bổ, nâng cấp đê điều được đầu tư với nguồn kinh phí lớn, đem lại hiệu quả thiết thực, góp phần giảm đáng kể các trọng điểm xung yếu. Các tuyến đê cấp 3, từ năm 2000 trở về trước bình quân nguồn vốn thường xuyên do Trung ương đầu tư từ 2 đến 3 tỷ đồng. Từ năm 2001 đến nay, nguồn vốn tu bổ thường xuyên bình quân trên 10 tỷ đồng/năm. Nguồn vốn duy tu chống xuống cấp đê điều trước năm 2000 khoảng 500 - 700 triệu đồng, nay tăng bình quân 4-5 tỷ đồng/năm. 

Nhiều dự án tu bổ, nâng cấp đê điều, đơn vị đã tham mưu cho Sở Nông nghiệp & PTNT và UBND tỉnh báo cáo lập dự án và đã được Nhà nước đầu tư. Nhất là dự án tu bổ, nâng cấp đê hữu Hoàng Long, Đức Long - Gia Tường - Lạc Vân; dự án tu bổ, nâng cấp đê Đầm Cút và bờ vùng Hoa Tiên; dự án nâng cấp đê biển Binh Minh II; dự án củng cố đoạn xung yếu đê hữu Đáy từ K0 - K8+150; dự án đê tả Hoàng Long, dự án tu bổ, nâng cấp đê Năm Căn; dự án âu Cầu Hội (huyện Yên Mô); dự án nạo vét sông, nâng cấp tuyến đê Mới (huyện Yên Khánh); Dự án nâng cấp tuyến đê tả, hữu Vạc... Các dự án này đã góp phần không nhỏ vào công tác PCLB và phát triển kinh tế - xã hội của địa phương. 

Các tuyến đê cấp 3 được củng cố, nâng cấp ngày một vững chắc hơn, đã có 116/116 km đê được rải mặt cấp phối và bê tông hoá, góp phần cải tạo giao thông, phát triển nông nghiệp, nông thôn. Có gần 70/74,5 km đê hữu Đáy được trồng tre chắn sóng. Các tuyến đê cấp 4 được nâng cấp, cải tạo và bê tông hoá mặt đê, góp phần bảo vệ đê và cải tạo môi trường. Công trình bị hư hỏng sớm được phát hiện và sửa chữa kịp thời đem lại hiệu quả, tăng tuổi thọ công trình. Bên cạnh đó, Chi cục còn tập trung nghiên cứu, ứng dụng tiến bộ khoa học công nghệ vào công tác quản lý đê điều và PCLB. Đẩy mạnh tuyên truyền pháp luật về đê điều và các văn bản pháp quy khác có liên quan đến công tác quản lý đê điều và PCLB.

Với những thành tích đã đạt được trong những năm qua, Chi cục Quản lý đê điều và PCLB đã được UBND tỉnh, Bộ Nông nghiệp & PTNT tặng nhiều bằng khen, cờ thi đua cho tập thể và cá nhân, đặc biệt, đơn vị đã được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng Ba.